Pada saat awal beroperasi, Tranjakarta mengalami banyak masalah, salah satunya adalah ketika atap salah satu busnya menghantam terowongan rel kereta api. Selain itu, banyak dari bus-bus tersebut yang mengalami kerusakan, baik pintu, tombol pemberitahuan lokasi halte, hingga lampu yang lepas.
Selama dua minggu pertama, dari 15 Januari 2004 hingga 30 Januari 2004, bus Tije memberikan pelayanan secara gratis. Kesempatan itu digunakan untuk sosialisasi, di mana warga Jakarta untuk pertama kalinya mengenal sistem transportasi yang baru. Lalu, mulai 1 febuari 2005, bus Tije mulai beroperasi secara komersil.
Bus yang digunakan sebagai bus Transjakarta adalah bus Mercedes-Benz dan Hino. Warna bus adalah merah dan kuning disertai dengan gambar elang bondol dan salak di bagian eksterior. Bahan bakar yang digunakan adalah bio solar. Untuk Koridor 2 (warna bus biru dan putih) dan 3 (warna bus kuning dan merah), bus-bus yang digunakan adalah bus Daewoo berbahan bakar gas yang didatangkan dari Korea Selatan.
Setiap bus dilengkapi dengan papan pengumuman elektronik dan pengeras suara yang memberitahukan halte yang akan segera dilalui kepada para penumpang dalam 2 bahasa, yaitu bahasa Indonesia dan bahasa Inggris. Setiap bus juga dilengkapi dengan sarana komunikasi radio panggil yang memungkinkan pengemudi untuk memberikan dan mendapatkan informasi terkini mengenai kemacetan, kecelakaan, barang penumpang yang tertinggal, dan lain-lain.
Untuk keselamatan penumpang disediakan 8 buah palu pemecah kaca yang terpasang di beberapa bingkai jendela dan 3 buah pintu darurat yang bisa dibuka secara manual untuk keperluan evakuasi cepat dalam keadaan darurat, serta dua tabung pemadam api di depan dan di belakang.
